Auf einer Insel namens Prison Island wird Shadow the Hedgehog von der G.U.N. beobachtet, welcher nach wie vor immer noch in Stasis gefangen ist. Jedoch werden die Systeme der Insel sabotiert und Shadow wird freigelassen. Dieser schlägt sich durch die Wachen, ehe er nach Richtung Tokio flüchtet um Rache zu verüben, da durch ein Unfall seitens der G.U.N. Maria Robotnik, welche Shadow als beste Freundin wahrnahm, vor 50 Jahren ums Leben kam. Währenddessen feiern Sonic, Tails und Knuckles, sowohl auch Tom und Maddie Wachowski eine Party anlässlich des Jubiläums des Tages, an dem Sonic zum ersten Mal auf die Erde gekommen ist. Am Abend werden diese von G.U.N's Direktor Rockwell besucht, welche Sonic, Tails und Knuckles, als Team Sonic beauftragt nach Tokio zu fliegen und Shadow ausfindig zu machen.

Die Drei finden diesen auch dort vor, jedoch werden sie von ihm mit Leichtigkeit besiegt. Dann treffen sich Team Sonic mit Commander Walters, werden jedoch überraschenderweise von Dr. Robotniks Dronen attackiert. Bevor Walters stirbt, übergibt er Sonic einen Schlüssel, welchen er sicher bewahren soll. Die drei werden hingegen von Agent Stone gerettet; dieser bestätigt, dass die Dronen nicht von Dr. Ivo Robotnik ausgesandt wurden. Mithilfe von Dr. Robotnik finden sie eine verlassene Basis der G.U.N, wo Sonic, Tails, Knuckles und Agent Stone nacheinander von Shadow gefangen genommen werden. Dr. Robotnik hingegen findet seinen lang verloren geglaubten Großvater, Professor Gerald Robotnik vor. Dieser erklärt ihm, dass er einst eine Waffe, die sogennante Eclipse Cannon, für G.U.N gebaut hatte. Mithilfe von zwei bestimmten Schlüsseln solle man sie aktivieren können. Shadow nimmt den Schlüssel von Tails und zündet eine Granate, die ein schwarzes Loch erzeugt. Glücklicherweise können Team Sonic in letzter Sekunde fliehen.

ca.110 Min. -- ab 12 Jahren